La mission de l'école est d'instruire l'ensemble des personnels "fusiliers marins" de la Marine dans tous les grades et à tous les niveaux de formation.
Pour cela, l'école est fractionnée en "écoles" et "cours" :
- Ecole des officiers fusiliers
- Cours du brevet supérieur
- Département des formations initiales
- Cours du certificat d'aptitude technique
- Département commando
- Cours et stages divers
Tous les cours de l'école des fusiliers marins sont ouverts aux stagiaires étrangers.