Les installations de l'école utilisées pour la formation physique et sportive des élèves comprennent :
- un gymnase omnisports, une salle de musculation, un terrain de football en cendrée, un parcours du combattant ;
- des parcours spécifiques pour la formation commando (parcours d'assaut, jungle et commando)
L'école dispose de terrains et d'installations d'entraînement sur l'îlot Saint-Michel au confluent du Scorff et du Blavet, du fort Saint-Julien à Quiberon et de champs de tirs à Gâvres.
L'école utilise aussi les installations de Marine Lorient : piscine, salle omnisports. Les installations de tirs comprennent un stand couvert de 200 mètres, un cinétir, un stand en plein air de 50 mètres.
Le 20 septembre 2006 a été inauguré un centre d'entraînement spécialisé à l'assaut en mer (CESAM) pour les fusiliers et commandos. Le bâtiment support étant le Narvik, prototype inachevé du BAMO (Bâtiment anti-mines océanique), qui est désormais transformé en centre d'entraînement.