Chaque commando comprend environ 80 à 100 combattants répartis en 4 escouades d'une vingtaine d'hommes. Chaque escouade est divisé en 2 groupes de combat. A tour de rôle, chaque escouade est d'alerte à 48h00 voire 6h00. Le plan Commando 2001 a néanmoins réorganisé les escouades, centrées sur des groupes de 10 hommes (commandé par un gradé titulaire du brevet supérieur) comme base de structure opérationnelle, ce qui permet une plus grande souplesse dans la gestion des forces. Chaque commando possède une dominante particulière à savoir l'assaut à la mer et l'extraction de personnes en zones côtières pour les commandos Jaubert et Trépel, la reconnaissance de sites et d'installations maritimes pour de Penfentenyo, et enfin la neutralisation à distance et les appuis spéciaux pour le commando de Montfort.
Commando Jaubert Missions : Assaut en mer, extraction et ECMC (Escouade de Combat en Milieu Clos) Composition : Une escouade de commandement à deux groupes et trois escouades à deux groupes de combat Total :
82 hommes
Commando Trépel Missions : Assaut en mer et extraction Composition : Une escouade de commandement à deux groupes et trois escouades à deux groupes de combat Total :
82 hommes
Commando De Penfentenyo Missions : Reconnaissance de sites et renseignement à fins d'action Composition : Une escouade de commandement à deux groupes et quatre escouades à deux groupes de combat Total :
103 hommes
Commando De Montfort Missions : Neutralisation à distance et appuis spéciaux Composition : Une escouade de commandement à deux groupes et trois escouades à deux groupes de combat Total :
82 hommes
Commando Hubert Missions : Actions sous-marines Composition : Une escouade de commandement à deux groupes, trois escouades à deux groupes de combat, un service de soutien et le Poseïdon Total :
90 hommes